Agrofanb ha sido objeto de diferentes denuncias: las cifras de producción de la empresa discrepan con las publicadas por el Ministerio de Agricultura Productiva y Tierras, no existe un programa de producción de Agrofanb, los insumos son otorgados solamente a aliados del sector militar.
Asimismo, en julio de 2018, Juan Simoza, presidente del Frente Alberto Müller Rojas, denunció que los insumos de Agrofanb son desviados a los entes privados y no le llegan a los agricultuores y trabajadores del campo.
Conoce el perfil completo de esta empresa en la investigación 20 empresas, 20 ruinas.