Tiene un largo historial al frente de la política económica y las finanzas del Estado venezolano, pero también como blanco de denuncias sobre irregularidades en sus distintas gestiones: la contraloría interna de la UCV determinó que el Consejo de Desarrollo Científico y Humanístico incurrió en gastos innecesarios bajo su dirección; la Contraloría, la Asamblea Nacional y la Fiscalía abrieron investigaciones sobre malversación de recursos en el Fondo de Inversión para la Estabilización Económica durante su gestión; así como también, el Parlamento lo investigó por descapitalización del Banco Nacional de Desarrollo (Bandes).
Merentes, sin embargo, se mantuvo como uno de los hombres de confianza del ex presidente Hugo Chávez a lo largo de su mandato. Fue el artífice de las notas estructuradas -un esquema de reventa de bonos de deuda pública de otros países- y coordinó la creación del Sistema de Transacciones de Títulos en Moneda Extranjera (Sitme), ambos proyectos también vinculados a desfalcos. Ninguna de las investigaciones ha prosperado y Merentes continúa en las altas esferas de la economía nacional.
